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成之作，运用生物芯片制造。能够移植人格的超级计算机，其强大的处理能力，政府机构甚至用这套系统作为决策依据，已接近强人工智能的水平。据称，其运算速度要比当今最新一代的计算机快10万倍，能量消耗仅相当于普通计算机的十亿分之一，存储信息的空间仅占百亿亿分之一。
其次还有许多不起眼的“黑科技”，因为技术实现实在太bug了。
高振动粒子刀，刃处高速振动的粒子可以将对手自原子层面切断，属于无视对手装甲材质的破坏武器。
反物质武器阳电子狙击步枪(或阳电子炮)，这涉及到反物质的制取和存储。
还有超电磁强化盾，可挡住雷天使十几秒。
仿制朗基努斯枪，这算人类科技造物，能够变形还自带动能。
NERV月球支部，建立了整个建造基地。以及NERV、SEELE的全息投影技术，这涉及到的材料科学和航空技术，管中窥豹可见一斑，显然十分先进成熟。
最奇特的黑科技是：无法被使徒消化的沃克曼磁带播放机，以及高智能温泉企鹅PENPEN。
所以，本质上EVA是一部主题黑暗，带科幻、宗教元素的校园动漫。虽然有种种不科学的黑科技，矛盾的设定，浓厚的宗教元素，但看着真爽。而且青少年可以在其中找到自己的缩影，又有妹子可以撸，开创整个二次元产业辉煌时期的作品，当然受众广影响深。
真嗣最感兴趣的当然是生物计算机技术，有空闲都在阅读相关资料。得益于强大的记忆和理解能力，学习速度飞快，汲取先进知识的快感让他深深沉醉其中。
2003年，真嗣3岁。国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
E计划，即“亚当再生计划”，就是基于亚当胚胎的研究建造EVA机体的计划，其成果便是“Evangelion”机体，始于零号机的建造。显然，这是SEELE“人类补完计划”的子计划，补完剧本的步骤之一。
箱根(第三东京市)，芦之湖湖畔。
碇唯带着婴儿车上的真嗣，跟冬月谈话。
“相同的天气日复一日，这国家没了秋天实在是件无可言喻的伤心事。”冬月面朝湖面感叹。
“SEELE手上的《死海古卷》，要是按照上面写的，十几年后会发生第三次冲击。”
“阻止最后悲剧的发生的组织，就是SEELE和Gehirn(NERV的前身)。冬月老师，解开那个封印非常危险。”碇唯劝阻冬月不要公开第二次冲击的真相和SEELE的存在。
“资料都交给碇了，因为这不是个人能做到的事情，我们将不再重演上次的悲剧。我也收到委婉的警告，看来他们想让我消失易如反掌啊。”看来冬月曾受到SEELE的威胁，强迫其入伙。
“对残存下来的人类也是一样，要毁灭人类是十分简单的。”
“就算如此，你也不必去当被实验者啊。”冬月担心碇唯的安危。
“一切都按照命运的安排，这也是我留在SEELE的原因。”碇唯抱起了真嗣，“而且，这也是为了真嗣。”她已经下定决心了。
“人类仿造神造出了EVA，这才是真正的目的吧。”冬月说。
“嗯，人类只能在这颗星球上生存，但是EVA可以无限制地存在下去，和寄宿其中的人的心灵一起。就算过了50亿年，地球和月亮都消失了，EVA也会一直存在下去。即使只有一个人活下来，虽然会非常孤寂，但只要继续活下去的话……”
“那样人类曾存在过的证据就会永远地留存下去吧。”冬月接着说。
显然，这次实验的后果碇唯是做好心理准备的。灵魂留在初号机里，也是她的意愿。
碇唯也是反对SEELE的人工成神计划的。而SEELE的手段之厉害个人力量无法抗衡，公开的反抗肯定没有任何用处。因此阻止其人工成神计划的最好方法就是潜入其补完必备道具——Lilith的复制品(初号机)并将其控制。
SEELE的补完计划里最后用的都是源自使徒的傀儡系统(DummySystem)。唯只要能使初号机拥有自己的意志抵制傀儡系统就能在最后阻止SEELE的野心。
可惜，真嗣此时还是一个奶声奶气的小屁孩，无力阻止这件事的发生。
结果，碇唯还是在次年的EVA启动实验发生预料中的意外，同步率达400%，灵魂永远留在初号机里。
“碇唯也算是遵从了自己的意愿吧。”凌冲想，TV版的真嗣同步率也达到400%化成汁，最后也能凭借自己的意愿回来。如果碇唯想脱离初号机的话，早就自己回来了。
所以在EVA里，碇唯最伟大，她为了人类能够繁衍下去牺牲了自己。
可怜的老碇，一直被冬月和唯的计划蒙在鼓里。